GitHubの複数アカウントを使い分けるには片方のアカウントでSSH接続する方法があります。ですがGitHubでGit LFSのファイルはhttpsのみでSSHにできないのでダウンロードできません。そこでCredential Managerのnamespaceで複数アカウントをhttpsで使い分けます。
Git for WindowsのインストールウィザードでEnable Git Credential ManagerをチェックしてCredential Manager for Gitを一緒にインストールします。
特に設定は不要です。git cloneなどを行って認証するとコントロールパネルの資格情報マネージャーのWindows資格情報にgit:https://github.comが追加されます。
Credential Managerでnamespaceを設定すると資格情報の先頭のgit:が変わり複数のアカウントを使い分けることができます。
cloneして認証が通った後に資格情報マネージャーを開くとsub:https://github.comが追加されています。
詳しくはCredential Manager for Windowsのcredential.namespaceを参照してください。
git configのConditional Includesを使うとgitdir:で指定したフォルダにcredential.namespaceを設定できそうですがCredential ManagerがConditional Includesに対応していないので利用できません。issuesに要望を上げたので興味ある方はリアクションやコメントをお願いします。